Antes do início da série, o vilão Doutor Destino está em busca de uma dominação universal, e tenta adquirir o poder ilimitado da “Espada do Infinito”. Porém, numa batalha contra o Homem de Ferro, a espada se parte em mil pedacinhos, e esses chovem na cidade Super Herói. Então, o Doutor Destino forjou alianças com quase todos os supervilões de Villainville, que formam a Legião Letal, a fim de caçar os os pedacinhos da espada do infinito. Mas então, forma-se o grupo de super heróis Esquadrão de Heróis, consistindo de Homem de Ferro, Falcão, Hulk, Surfista Prateado, Thor e Wolverine. Dai então começa um novo desafio para o esquadrão de Super herois!!
O Doutor Destino manda o Toupeira e seus monstros à cidade atrás de outro fractal. O Esquadrão de Heróis luta contra eles, mas o Toupeira incorpora o fractal em sua vara, resultando em poderes de supervelocidade.
Wolverine é designado para treinar Réptil, que se decepciona pelo esquadrão não deixá-lo lutar. Mas eles mudam de ideia quando o Doutor Destino envia o Abominável e a Gangue da Demolição para pegarem mais um fractal.
O Esquadrão fica frustrado quando o Surfista Prateado não entende os costumes da terra; Doutor Destino envia o Abominável e Modok para capturarem o Surfista Prateado, a fim de sugarem sua energia cósmica.
Durante uma batalha caótica com Klaw & Screaming Mimi, o poder cósmico de um fractal transforma o Hulk no Hulk Cinzento.
Com a estranheza sobrenatural que assola a cidade, o Esquadrão de Super Heróis pede a ajuda da dimensão Sorcerer Supreme of the Earth, Doutor Estranho. No entanto, o bom doutor parece estar “fora de seu roqueiro”, balbuciando incoerentemente e convocando o Dread Dormammu para Super Hero City.
Uma garota de três anos possui uma tiara com Fractal que lhe dá super força. O Esquadrão de Heróis e a Legião Letal se unem para tirar o Fractal dela e encontrar seu pai.
Loki convence o Doutor Destino a expulsar vilões da sua legião e contratar os Três Guerreiros; Sif pede a ajuda a Thor para combater a nova Legião do Mal; Homem de Ferro, Hulk e Surfista Prateado tentam roubar os Fractais do Doutor Destino.
Um novo vilão chamado Escorpião aparece na cidade dos super-heróis. Nicky Fury se disfarça de vilão para se infiltrar na sede de Doom e impedir que o Dr. Destino use um fractal para controlar um buraco negro.
Quando se presume que Falcon é a causa da queda do Helicarrier, o The Squad é forçado a se mudar. Enquanto isso, Enchantress e M.O.D.O.K. planeja atacar a cidade de super-heróis enquanto o pelotão está cansado de se mover de um lugar para outro.
Doutror Destino e o Cabeça de Ovo tentam roubar Fractais ficando em tamanho microscópico para invadir a fortaleza do Esquadrão. Os heróis pedem ajuda ao Homem Formiga para enfrentar esse novo desafio.
Wolverine abandona o Esquadrão de Heróis e se torna o Capitão Canadá, indo para a Amazônia lutar junto ao seu novo grupo de heróis; o resto do esquadrão luta contra o Mestre do Picadeiro.
Thanos e o Doutor Destino formam uma aliança para a obtenção de um artefato específico do Edifício Baxter, que é defendido pelo Falcão e H.O.R.S.E durante as férias de outros heróis.
A Viúva Negra se junta ao Esquadrão de Heróis e mostra o que pode fazer. Na verdade ela é Mística, disfarçada, enviada pelo Doutor Destino para roubar os Fractais do Esquadrão de Heróis.
Após comer um Fractal, Modok conspira para derrubar o Doutor Destino e tomar seu lugar como líder da Legião do Mal. O Esquadrão de Heróis e Tempestade pedem ajuda ao Pantera Negra para combater o vilão.
Encantor planeja tirar Thor do caminho para tomar seu lugar; Miss Marvel se apaixona por Modok, fazendo com que a S.H.I.E.L.D contrate a Valquíria para impedir Modok de levar Miss Marvel para o lado do mal, fazendo a heroína voltar ao normal.
Quando o Barão Mordo possui o Homem de Ferro transformando-o na Ameaça de Ferro e escapa da Dimensão das Trevas, ele planeja assumir a Super Hero City e Villainville. Quando Wolverine, Falcon e Redwing acabam sob o controle do Barão Mordo / Iron Man, Hulk, Silver Surfer e Thor devem se juntar a Doctor Strange e Valkyrie para formar uma equipe de Defensores e parar o plano maligno do Barão Mordo. Doctor Doom e MODOK relutantemente os ajudam quando Iron Menace assume o controle de Abomination.
James Rhodes, junto ao Homem de Ferro, trava uma batalha contra o Doutor Destino; Wolverine e Réptil derrotam o Abominável e Modok quando eles disputam um jogo de golfe.
Quando um smilodon é trazido para a Cidade dos Super Heróis a partir da Terra Selvagem, um misterioso lorde da selva chamado Ka-Zar aparece afirmando que o smilodon é na verdade seu companheiro Zabu. Quando o Esquadrão de Super Heróis encontra Ka-Zar, eles aprendem sobre sua missão e ajudam-no a resgatar Zabu. Enquanto isso, Doctor Doom vê o Quartzo Estrela (que liga e funde qualquer metal na presença de Vibrânio) em volta do pescoço de Zabu e envia Sapo, Trovão, Dentes de Sabre e Batroc, o Saltador, para roubar Zabu em uma conspiração para reforjar a Espada do Infinito.
O Capitão América envia Wolverine de volta à Academia de Charles Xavier, a fim de obter o seu diploma e terminar seus créditos remanescentes. Réptil se infiltra lá para entender como é o treinamento dos X-Men.
O Cabeça de Ovo faz uma lavagem cerebral nos habitantes da cidade e consegue se eleger prefeito. Seu governo se torna um pesadelo para todos e o Esquadrão de Heróis se une aos vilões para tirá-lo do poder.
Magneto está na cidade com seus filhos Mercúrio e Feiticeira Escarlate, para ajudá-lo em uma sinistra conspiração para roubar Fractais para o Doutor Destino. Falcão desenvolve uma paixão pela Feiticeira Escarlate depois que ela cura seu pássaro.
O Doutor Destino envia sua Equipe Tóxica para o Polo Norte para construir uma máquina para derreter a calota polar. O Esquadrão pede a ajuda do Homem de Gelo para impedir os vilões.
É o aniversário do Capitão América e tudo que ele quer fazer é comemorar com seus amigos. O Doutor Destino manda um presente amargo para o Capitão, seu velho inimigo Caveira Vermelha.
O Doutor Destino derrota e conquista o místico mundo do Chthon, a fim de libertar a sua mãe; Chthon pede ajuda ao Esquadrão de Heróis e do Doutor Estranho e, juntos, mandam a mãe do Doutor Destino de volta ao mundo místico.
O passado de Surfista Prateado como o arauto de Galactus é revelado quando ele encontra outro arauto, Stardust. Mas Doctor Doom tem planos para Stardust e seu grande chefe.
Galactus coloca o destino do planeta em jogo e a situação piora quando todos os heróis da cidade ficam impotentes. O Esquadrão de Heróis e o Doutor Destino juntam todos os Fractais e refazem a Espada do Infinito, a fim de derrotar Galactus.
Quando o Capitão Marvel desaparece durante uma conferência de paz entre os Kree e os Skrull, a Sra. Marvel força a Super Hero Squad a se unir novamente para chegar ao fundo disso, sem saber que Thanos está por trás disso. Enquanto isso, Doctor Doom planeja uma prisão com Wrecker e Thunderball.
Depois que o Esquadrão de Super Heróis é aprisionado pelos Skrulls, o trunfo de Falcon, na forma de Feiticeira Escarlate, é a única esperança de parar a guerra entre os Kree e os Skrull e derrotar Thanos e sua Gema da Alma.
Um acidente entre a nova Gema do Tempo de Thanos e os poderes mágicos da Feiticeira Escarlate a envia de volta à Segunda Guerra Mundial, onde ela deve ajudar o Capitão América e os Invasores a impedir que a Caveira Vermelha lance um foguete que destruirá a Europa.
Lentamente enlouquecendo na prisão, Doutor Doom lidera um plano de fuga onde ele distrai o Esquadrão de Super Heróis usando um balão de Fin Fang Foom e deve liderar seus ex-aliados (e dois novos) para escapar das mãos do Capitão América e da Sra. Marvel.
Ciumento das ações de Thor na Terra, o deus grego Zeus desafia Odin a uma batalha entre o deus do trovão e seu filho Hércules. O reptil foge para ajudar Thor, enquanto a Mulher Invisível é forçada a transmitir o desafio a Deus para a cidade de Super-heróis para arrecadar dinheiro para o prefeito.
Thanos recruta Homem de Ferro, Hulk e a Feiticeira Escarlate para uma partida contra o Esquadrão Supremo de outra dimensão em uma batalha de heróis para a Jóia Mental do Grande Mestre.
Depois de roubar a Gem espacial de Thanos, Nebula pega o teliporter do Helicarrier para fugir, mas se suga, assim como o H.E.R.B.I.E. e Wolverine, na Zona Negativa, onde Annihilus os ataca achando que estão atrás de seu Bastão de Controle Cósmico.
Com Galactus tentando comer o Homeworld Skrull e o Surfista Prateado em lugar nenhum. O Esquadrão de Super-Heróis deve segurar o devorador enquanto encontra seu aliado (que está lentamente sendo corrompido pela Espada do Infinito), que acaba por atrasar Ronan, o Acusador, da ajuda de Skrull Homeworld.
Thanos usa a Jóia da Mente para controlar o Hulk que faz um ataque sonâmbulo. O Esquadrão de Super-Heróis deve entrar no reino dos sonhos para revidar, mesmo que tenha que obter ajuda do Nightmare.
Feiticeira coloca um feitiço de amor em Odin em uma tentativa de se tornar rainha de Asgard, mas uma regra esquecida o força a sair do trono e faz seu filho Thor rei, que tanto ela quanto Loki tentam tirar vantagem. Enquanto isso, Magneto e Quicksilver descobrem Wanda se juntando ao Esquadrão de Super Heróis e pegam carona para tentar pegá-la de volta.
Thanos destrói a Nova Corp e pega Nova em cativeiro para colocar as mãos na Gema do Poder, levando Iron Man e Hulk a recrutar Hercules e She-Hulk para resgatá-lo. Enquanto isso, H.E.R.B.I.E. se apaixona pelo droide mensageiro de Nova.
Um exército de clones de Wolverine invade a cidade de Super Hero, forçando o verdadeiro Wolverine e Reptil a chegar à fonte com a ajuda de Firestar. Fora dos outros membros do Esquadrão de Super-Heróis que cercam os clones do Wolverine, Reptil não sabe que seu parceiro na feira de ciências e Firestar são uma pessoa.
Doctor Doom retorna a Latveria na esperança de se reagrupar, mas descobre que sua mãe, Coco, está livre do cativeiro, fez uma lavagem cerebral em seu seqüestrador Chthon e transformou seu castelo em uma armadilha de spa que enredou o Esquadrão de Super-Heróis!
Como Thanos recebe todas as pedras do infinito, os Squaddies enfrentam a traição nas mãos de um dos seus próprios! Neste clímax arrebatador para a Saga do Desafio Infinito, o próprio destino do universo está na balança.
Depois de ser jogado em um portal por Dark Surfer, Thor faz amizade com um zelador Korbonita chamado Beta Ray Bill, e deve desistir de Mjölnir para provar que ele tem excelentes habilidades de luta.
Depois de ser lançado em um portal por Dark Surfer, Falcon e H.E.R.B.I.E. encontram-se em uma realidade alternativa onde a Feiticeira Escarlate é um imperador maligno que governa o mundo. Com a ajuda de um idoso Magneto e um forte Reptil, Falcon e H.E.R.B.I.E. tente convencer a Feiticeira Escarlate de que ela é boa e deixe o mundo em paz.
Depois de ser jogado em um portal por Dark Surfer, um Homem de Ferro impotente se vê encalhado em um mundo de monstros. Lá ele encontra Homem-Coisa e Lobisomem à Noite e batalha contra Drácula e uma gangue de múmias lideradas por N’Kantu, a Múmia Viva. Mais tarde, é revelado que a namorada de Werewolf, Ellen, foi transformada em vampira antes de sua chegada. Como Homem de Ferro tenta descobrir como sair para a batalha Dark Surfer, o trio de monstros declara que eles formarão o “Supernatural Hero Squad” para salvar inocentes em seu mundo.
Depois de ser jogado em um portal por Dark Surfer, Wolverine acaba em um mundo habitado principalmente por dinossauros e encontra o Alto Evolucionário que lhe pede para ajudar com um dinossauro em particular chamado Devil Dinosaur, em troca que ele ajuda a trazer Wolverine de volta à Terra.
Depois de ser jogado em um portal por Dark Surfer, Hulk acaba em Sakaar e ele é capturado pelo Rei Vermelho para jogos de torneios com tema de gladiadores. Para se livrar da crueldade do Rei Vermelho, Hulk se une a outros dois gladiadores chamados Miek e Korg.
Depois de ser lançada em um portal por Dark Surfer, Scarlet Witch acaba no universo Marvel 1602, onde ela encontra uma cidade sob ataque de versões piratas de Doctor Doom, MODOK e Abomination. Infelizmente para a Feiticeira Escarlate, as pessoas da cidade não gostam de bruxas.
Como Mister Fantastic e Ms. Marvel fazem uma tentativa desesperada de resgatar os Squaddies de seu exílio extra-dimensional, a maldita HYDRA sitia seu distante posto avançado antártico.
Quando a esposa do Impossible Man o expulsa, o funeral irreprimível acaba batendo com o Esquadrão de Super-Heróis. Mas para salvar seu casamento, o Impossible Man tenta fazer algo que ninguém mais foi capaz de fazer – derrotar o Dark Surfer.
O esquadrão de super-herói sofre um acidente de tempo que transforma vários dos Squaddies em crianças! Cabe aos heróis não afetados encontrar uma maneira de consertar as crianças super-heróis antes que elas permaneçam assim para sempre.
A Sra. Marvel lidera os Squaddies em uma missão para resgatar seu capitão Marvel do Dark Surfer. Mas quando a luta prende os Squaddies na Pedra da Alma, é o Capitão Marvel que realiza o derradeiro sacrifício.
Enquanto o Dark Surfer se prepara para acabar com o universo, o Esquadrão Super-Herói semi-congelado monta um último ataque desesperado. Ms. Marvel revela o segredo do Manopla Infinito!
Os seis pelotões devem enfrentar o Dark Surfer um contra um, em uma batalha final pelo destino do destino para o destino da realidade que os leva para a borda do universo – e um último ponto na piscina cósmica Infinity!
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